Salah satu program utama yang diberlakukan di MHI adalah program hafalan al-Quran, Alhamdulillah program ini berjalan dengan cukup baik, banyak santri yang awal mulanya hanya memiliki sedikit hafalan al-Quran kemudian ikut serta dalam program ini mereka menjadi penghafal al-Quran mutqin untuk dua atau tiga juz dalam kurun waktu satu atau dua bulan.

Dibawah ini adalah foto-foto suasana santri ketika menghafal